Die städtische Kunstsammlung verfolgt mit ihrem wechselnden Ausstellungsprogramm eine Tradition, in der Universitätsstadt Gegenwartskunst zu präsentieren und zu diskutieren.

Kontinuierlich wird das kunsthistorische Erbe Jenas mit Sonderausstellungen klassisch moderner Kunst den Besuchern zugänglich gemacht. Diese Sonderausstellungen orientieren sich an historischen Vorbildern ambitionierter Ausstellungs- und Sammlungstätigkeit der Jenaer Bürgerschaft im beginnenden 20. Jahrhundert. In Ausstellungen zur internationalen Gegenwartskunst wurden in den vergangenen Jahren neben so bekannten Künstlern wie Joel-Peter Witkin (USA), Per Kirkeby (DK), Sally Mann (USA) oder Markus Lüpertz zahlreiche Ausstellungen mit jungen Künstlern gezeigt. Im Bereich der Klassischen Moderne wurden die Werke von Auguste Rodin, Emil Nolde, der Künstlergruppe "Brücke", August Macke/Cuno Amiet, die Sammlung französischer Malerei aus dem "Petit Palais" und Wassily Kandinsky in großen Ausstellungen dem Publikum vorgestellt.

Die Kunstsammlung der Stadt Jena gliedert sich in die Gebiete Malerei, Graphik und Plastik sowie Objektkunst und umfasst knapp 5.000 Werke. Schwerpunkt der Sammlung bildet die Kunst des 20. Jahrhunderts, von der klassischen Moderne über ein großes Konvolut von Kunst der DDR bis hin zur nationalen und internationalen Gegenwartskunst.